Thèse soutenue le 27 novembre 2009 pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Joseph Fourier de Grenoble I - Spécialité : Chimie Biologie
Résumé :
Le travail de thèse s'est articulé autour de deux axes : l'étude d'inhibiteurs peptidiques anti-Fur et la caractérisation de Fur d'Helicobacter pylori.
Avec l'apparition de souches pathogènes multi résistantes, de nouveaux antibactériens doivent être développés. Le régulateur principal du transport du fer bactérien Fur (Ferric Uptake regulator) est une cible potentielle. En effet, il régule des fonctions essentielles et est spécifique des procaryotes. Quatre aptamères peptidiques (F1 à F4) dirigés contre Fur d'Escherichia coli ont été isolés précédemment au laboratoire. Les aptamères peptidiques sont des protéines combinatoires constituées d'une plate-forme protéique constante dans laquelle est insérée une boucle variable de 13 acides aminés qui constitue la partie active. Les peptides linéaires pF1 à pF4, correspondant aux parties variables de F1 à F4 ont été testés
in vitro pour leur capacité à inhiber la liaison de Fur à l'ADN. Des variants mutés et/ou tronqués ont aussi été étudiés. Des tests double hybride chez la levure ont été réalisés afin d'étudier
in vivo l'interaction de Fur avec les peptides pF1 à pF4, et l'interaction des aptamères F1 à F4 avec les protéines Fur d'autres souches pathogènes, dont
Helicobacter pylori.
H. pylori est une bactérie qui colonise la muqueuse gastrique chez l'homme. La protéine Fur d'H. pylori a été purifiée, elle est nativement un dimère contenant un zinc par sous-unité. Ses propriétés de métallation et de liaison à l'ADN ont été étudiées, et les cystéines impliquées dans la liaison du zinc ont été identifiées. La structure tridimensionnelle du double mutant C78S C150S a été résolue en collaboration avec l'ESRF.
Jury :
Rapporteur : Dr Isabelle Schalk
Rapporteur : Dr Marius Reglier
Examinateur : Pr Emmanuel Drouet
Examinateur : Dr Pierre Colas
Directeur de thèse : Dr Isabelle Michaud-Soret
Mots-clés :
Fur, aptamère peptidique, peptide, fer, bactérie, antibactérien, interaction ADN/protéine, interaction protéine/protéine